تضم المرحلة الثانوية في الأكاديمية العربية الدولية الطلبة من الصف السادس وحتى الثاني عشر، وتطبق كل من برنامج البكالوريا الدولية للمرحلة المتوسطة MYP للصفوف من السادس حتى العاشر وبرنامج دبلوم البكالوريا الدولية DP للصفين الحادي عشر والثاني عشر. تعمل هذه البرامج على تطوير مهارات البحث والإبداع لدى الطلبة وتساعدهم في تطوير رغبة بالتعلم مدى الحياة. تهتم الأكاديمية بتطوير قدرات كل طالب فيها وفق احتياجاته وتوجهاته لتهيئتهم للمرحلة اللاحقة.

يتعلم طلبة الصفوف من السادس إلى العاشر الرياضيات والعلوم باللغة الإنكليزية ويتابعون تعلم اللغات الثلاث، العربية والإنكليزية والفرنسية بمستويات مختلفة، كما يتعلمون التاريخ بالعربية أو الإنكليزية حسب لغة الطالب الأم. أما في الصفين الحادي عشر والثاني عشر يتعلم الطلبة جميع المواد باللغة الإنكليزية تحضيراً لامتحانات البكالوريا التي تقدّم باللغة الإنكليزية